Seurakunnan ylin päättävä elin on kirkkovaltuusto, jonka seurakuntalaiset valitsevat seurakuntavaaleissa neljän vuoden välein. Kirkkovaltuusto johtaa seurakunnan toimintaa. Valtuustossa on 15 paikkaa. Valtuusto valitaan joka neljäs vuosi seurakuntavaaleilla, joissa äänioikeutettuja ovat kaikki 16 vuotta täyttäneet seurakunnan jäsenet. Istuva kirkkovaltuusto valittiin vaaleilla syksyllä 2022 ja se aloitti toimintansa vuoden 2023 alusta, uusi kirkkovaltuusto valitaan 15.11.2026 uudeksi nelivuotiskaudeksi.

Kirkkovaltuusto valitsee kirkkoneuvoston, joka vastaa käytännön johtamisesta ja valmistelee asiat kirkkovaltuuston päätettäväksi. Isojoella siihen kuuluu puheenjohtajan lisäksi 9 jäsentä.

Kirkkoneuvosto kokoontuu keskimäärin noin kymmenen kertaa vuodessa. Kokoukset eivät ole julkisia. Päätöspöytäkirja julkaistaan seurakunnan kotisivulla pöytäkirjan tarkastuksen jälkeen. Puheenjohtajana toimii kirkkolain mukaan kirkkoherra Mika Helander. Varapuheenjohtajana toimii Ville Varpelaide. Jäsenet: Juhani Herrala, Sirpa Länsivuori, Tomi Malin, Aki Pitkäkoski, Jukka Pitkäranta, Marja-Liisa Santamäki, Taina Yliharju, Kirsi Ylipaasto.

Voit vaikuttaa seurakunnan päätöksentekoon mm. osallistumalla seurakuntavaaleihin ja tekemällä aloitteita. Seurakuntavaalit järjestetään neljän vuoden välein. Vaaleissa äänestetään kirkon ja sen seurakuntien tulevaisuudesta valitsemalla luottamushenkilöt nelivuotiskaudelle. Seurakuntavaaleissa voi äänestää 16 vuotta täyttänyt ja ehdokkaaksi voi asettua 18 vuotta täyttänyt kirkon jäsen. Seuraavat seurakuntavaalit ovat vuonna 2026. 

Seurakuntalaiset voivat tehdä erilaisia aloitteita seurakunnan luottamuselimille. Aloite toimitetaan kirjallisena seurakunnan kirkkoherranvirastoon. Kirkkoneuvosto käsittelee aloitteet. Jos aloite koskee kirkkovaltuuston päätösvaltaan kuuluvaa asiaa, kirkkoneuvosto valmistelee aloitteen valtuustolle.

Kokonaiskirkon asioihin liittyvä aloite voi edetä aina kirkon ”eduskuntaan” eli kirkolliskokoukseen saakka. Reitti voi olla esimerkiksi: seurakuntalaisen aloite – kirkkoneuvosto – hiippakuntavaltuusto – kirkolliskokous